儒家从哪里来?当代学者普遍认为儒家具有浓厚的巫传统。
  
  章太炎《原儒》:「儒之名盖出於需。需者,云上於天。而儒亦知天文识旱潦。何以明之?……古之儒知天文占候,谓其多技,故号遍施於九能,诸有术者悉亥之矣。」
  
  葛兆光指出:「从思想发展上来看,我比较倾向於儒起源於殷周时代参与仪礼操持的巫祝史宗一类人。」并在此基础上进行了论证。
  
  李泽厚指出,中国的儒学系统的起源与发展与天是分不开的,这可能是由於巫文化的传统 。
  
  巫文化对中国影响深远,中国之巫文化与西方萨满均具有「绝地天通」之相似功用,均扮演了古人在天人关系中沟通的媒介(绝地天通之概念於《国语?楚语》、《尚书?吕刑》等先秦典籍均有记述)。
  
  《观堂集林?卷六》:「又推知而奉神人之事,通谓之礼」。礼在商代一开始跟巫文化是密不可分的,「子曰:『周因於殷礼』,代殷而起的周王朝继承了商王朝在政治经济文化等方面的全部遗产。」
  
  周代继承了商文化的文化遗产,并将礼乐重新制度化、政治化,逐渐形成新的完备体系,但其中继承的巫文化一直在礼乐中占有重要脉络。商周的礼都是由巫文化而发展成具有宗教性质的Divine Models of Rituals ,礼最初由模仿天道和宇宙论而来,是对宇宙与天命的模仿与敬畏,但到孔子那里进行了突破性的翻转与内化。
  
  用劳思光先生的话来说,孔子将「礼摄於义,将义摄於仁」,至此中国文化发展出内在价值,具有了个人超越性之可能,此也是《历史的起源与目标》提到的「轴心突破」之所在 ,由外在的宇宙论、人格天命观转为超越性的道与内在性的仁,「中国的轴心突破之所以归宿於内向超越正是由於它完全针对巫文化而发」 。
  
  孔子「礼摄於义,将义摄於仁」的过程,正是将外在的天道转变为内心的主动性,道德价值的实现不再完全外求於天,开始转为一内在的自觉境界。
  
  仁是一个古老的概念,并非始出於孔子。《国语?周语下》:「仁,文之爱也 」、「爱人能仁」,均说明了早在西周,仁就具有慈爱的含意。但必须指出的是,到孔子这里,仁被提升至一个道德层次的普世意义。
  
  如劳思光所言:「仁即是视人如己,净除私累之境界,此一境界是一自觉之境界,不假外求,不受约制,故孔子又即此以言自我之主宰性。」 如《论语》〈述而〉所言:「子曰:仁,远乎哉?我欲仁,斯仁至矣。」
  
  孔子奠定了仁内在於心的发端,而这明显与周公制礼作乐有所不同,在周公的礼乐制度中,社会体系主要是依赖於宇宙论与血缘被建构的符号体系,这就导致人与人之间的伦理关系其实并没有很好的被连结,但这点在孔子的仁学体系完成了转变。
  
  这凸显了两本书的重要性,一本是《论语》。《论语》一书以学的重要来说明人的主动性将可以学以成仁,另一本书是《中庸》,此书致力於结合传统的周礼如何与新创建的仁体系相互结合。
  
  「礼以义为其实质,义又以仁为基础。」仁发於心,义是仁之端,而发端的行为具体就是礼。至此,中国哲学完成了从天人关系到超越转化的关键一步。
  
  孟子紧接着孔子之後,提出了「四端」说。《孟子》〈公孙丑上〉:「今人乍见孺子将入於井,皆有怵惕恻隐之心。……人之有是四端也,犹其有四体也。」每个人都有「善的四端」,分别是「侧隐」、「羞恶」、「辞让」、「是非」,所谓性善并非是自然意义上的人性本善,而是人有善端,发与未发全看个人的养气与行动。
  
  如牟宗三所指出,使得人具有内在价值自觉和逐渐完善自身的可能性。《孟子》〈尽心上〉:「万物皆备於我矣。反身而诚,乐莫大焉。强恕而行,求仁莫近焉。」,如劳思光所指出:「孟子此处之所谓『知』,盖指自觉而言;心之发用即是性之显现,……心发用至充足状态,方自觉到自身之性……故亦即自觉其为万里之源。」仁具有一性善之倾向,但须藉由养气之功夫,方能完成一价值自觉之过程。
  
  但是人如何知晓道德知识?这就是《大学》的主题,透过「诚意」进而能知,如蒙文通所言,这其实是建立在孟子的基础上发展的,正因为本心是善的,故才能正其心,进而明德,培养出能够明辨道德是非的「好恶之知」。
  
  孟子之心性之学至荀子而有一大转变。荀子并不认同孟子心性论,谓以为孟子性善论是一自然事实。但孟子本来之含意为人之心具有价值自觉之能力与实践能力,非一出生即善的自然之性,故孟子言养气成德,成德与否全在人自身,人具有一主动意愿的实现能力来决定是否拥有德性。然荀子的心并不具备一主体,唐君毅就曾指出荀子的心是一「虚壹而静」之心,虚静之心仅有观照功能,而无主动性,故荀子实则否定一内在主动(体)性之可能。除了跟孟子的差异外,荀子哲学亦有其特色,其中最大的就是重谈礼,并透过义的结合,让礼能够与理进行接轨,成为一个新体系。同时荀子重视圣人的作用,认为圣人扮演着沟通天地并制礼作乐的角色。